Aplicación de software libre en actividades universitarias docentes y de extensión: visualización y base de datos de bifenilos policlorados

Abstract

Se calcularon las coordenadas de los centros atómicos de la familia de PCBs (bifenilos policlorados), se cargaron en Gabedit - una interfaz gráfica libre que posee avanzadas herramientas para construir moléculas - y se visualizaron los 209 congéneres. Se obtuvieron los archivos con formato xyz y pdb, además de archivos de imágenes jpg y pdf. El análisis de las imágenes de las moléculas en 3D fueron de gran ayuda en el análisis de la relación entre estructura química, parámetros conformacionales y toxicidad efecto dioxina. Además, se construyó una base de datos de PCBs usando el motor PostgreSQL y se incorporó información sobre nomenclatura, estructura química, los archivos de las coordenadas de los centros atómicos y de imágenes de los 209 PCBs. La base de datos está disponible para actividades docentes y de extensión.