La porción terminal del colédoco, atravesando primero oblicuamente la capa muscular del duodeno, después la capa celulosa, desemboca entonces en una pequeña dilatación labrada en plena mucosa y a la cual también va a terminar el conducto excretor del páncreas (Wirsurg), es la ampolla de Vater.
La ampolla de Vater que puede verse muy bien en un corte de la pared duodenal, es una pequeña cavidad de forma cónica, en cuya base desembocan los dos conductos, el colédoco y el Wirsung. De los dos el primero casi siempre se encuentra por encima del segurdo, estando separados por un repliegue transversal en forma de espolón.