Durante el período de embriogénesis, el disco trilaminar dará origen a el ectodermo, que son las estructuras que permiten el contacto con el exterior, incluyendo sistema nervioso central, el periférico y los epitelios que constituyen los sentidos, la piel, el pelo, las uñas, los dientes y las glándulas; el mesodermo, que se divide en tres: paraxial, intermedio y lateral. El primero origina una serie de segmentos llamados somitómeras, de donde surgen la cabeza y todos los tejidos con funciones de sostén. Además, el mesodermo produce el sistema vascular, urogenital y glándulas suprarrenales; y el endodermo, que constituye el «techo» del saco vitelino y produce el tejido que tapiza el tracto intestinal, el respiratorio y la vejiga urinaria. En etapas más avanzadas esta capa formará el parénquima de la glándula tiroides, paratiroides, hígado y páncreas, parte de las amígdalas y el timo, y el epitelio de la cavidad timpánica y la trompa auditiva. Durante este período de la organogénesis, tenemos el momento más sensible a los agentes exógenos, los cuales pueden originar malformaciones congénitas muy importantes.