El género Cystoisospora pertenece al Phylum Apicomplexa, por poseer un complejo apical que le permite penetrar la célula hospedadora, son parásitos intracelulares obligados.Las especies que se encuentran con frecuencia en el perro y que son causa común de diarrea en cachorros son: Cystoisospora canis, Cystoisospora ohioensis, Cystoisospora burrowsi, Cystoisospora neorivolta. El género Cystoisospora se caracteriza por tener quistes monozoicos, es decir, quistes que tienen un solo tipo de célula o zoito y de un solo tipo de hospedador intermediario. El ciclo es heteroxeno facultativo, siendo la monoxenia facultativa la más frecuente. Estos protozoos son específicos del hospedador, tienen una distribución mundial y las infecciones son muy comunes, especialmente en animales jóvenes.