Endolimax nana es una especie comensal con una amplia distribución geográfica en humanos y otros primates. Vive en el intestino, específicamente en el colon, en el cual se alimenta de bacterias. El trofozoíto es muy pequeño (nana en latín significa pequeño), mide menos de 10 μm y tiene movilidad lenta. El quiste también es pequeño, oval, tetranucleado, con gránulos de glucógeno dispersos.