Las primeras descripciones de Blastocystis se realizaron durante la primera década de 1900 y en particular, en 1912 (Brumpt 1912) se describe como Blastocystis hominis a la especie hallada en heces humanas. Sin embargo, la sistemática de Blastocystis sp. ha sido resuelta posteriormente a partir de los avances de la microscopía electrónica y la biología molecular. Fue así que en 1996 se realizaron los primeros análisis moleculares de secuencias del ARN ribosómico y se sugirió la ubicación del parásito dentro del reino Chromista (Silberman, 1996). Desde el año 2007 se acepta con mayor énfasis que Blastocystis sp. no es ni hongo, ni protozoario sino Chromista y es considerado el único cromista capaz de colonizar el lumen gastrointestinal del ser humano. Han sido descriptos diversos subtipos de Blastocystis que probablemente se transfieran entre humanos, animales domésticos y silvestres, sin embargo, su significancia clínica es aún controversial. Es un organismo pleomórfico que carece de mitocondrias y se reproduce por fisión binaria y por esporulación.