Algunos años atrás, luego de una revisión taxonómica, se demostró que el género Isospora representa a aquellas especies cercanas a Eimeriidae (Barta et al., 2005). Las especies que afectan a perros y gatos se incluyen desde entonces en el género Cystoisospora. Éstas son especies parásitas de carnívoros y se relacionan con otros géneros —Hammondia, Toxoplasma, Besnoitia y Sarcocystis—presentando ooquistes esporulados similares, y utilizando a los carnívoros y omnívoros como hospedadores definitivos. Sin embargo, en este capítulo se mantendrá el nombre tradicional (Isospora) para todas las especies de coccidios intestinales que afectan a los pequeños animales (Cordero del Campillo et al., 1999; Melnhorn, 2008).