La composición y diversidad de la fauna del suelo se relaciona con el tipo, edad, diversidad, estructura y manejo de los cultivos. Debido a su rápida respuesta a los cambios en el hábitat, ciclos de vida cortos y facilidad de muestreo ha cobrado importancia como herramienta para evaluar el funcionamiento y sustentabilidad de los agroecosistemas. Entre la mesofauna, los ácaros oribátidos son agentes pedogenéticos que fragmentan los restos orgánicos y dispersan bacterias y hongos. Entre la macrofauna se destacan las arañas y los coleópteros, importantes por su abundancia, biomasa y riqueza de especies y a que participan, en el control de especies fitófagas, la descomposición y la polinización, entre otros.