Aedes aegypti es el principal vector del dengue en Paraguay, cuya composición genética poblacional puede ser afectada por los controles químicos y ambientales, por lo que es necesario evaluarlos con marcadores moleculares capaces de estimar la diversidad genética existente entre poblaciones naturales de mosquitos. Con el objetivo de establecer la variabilidad genética de Ae. aegypti, se analizaron 40 especímenes hembras de los Departamentos Central y Cordillera de Paraguay. Los insectos fueron sometidos a procesos de extracción de DNA genómico y los fragmentos se amplificaron mediante dos marcadores moleculares; RAPD-PCR y PCR-RFLP. Para el RAPD se utilizaron los cebadores comerciales H3 y A2, los cuales amplificaron 24 loci. Se observaron loci polimórficos en 83% y 95,8% para H3 y A2 respectivamente.