El estudio de los caballos Paso Peruano Argentino (PPA) y los Criollo Argentino (CA) se fundamenta en que se trata de dos razas autóctonas muy difundidas y utilizadas con múltiples propósitos en dos regiones muy distintas de nuestro país. La determinación de los polimorfismos bioquímicos y los microsatélites han sido utilizados para estudiar la variabilidad genética en numerosas razas equinas. Las técnicas empleadas fueron la electroforesis en gel de poliacritamida (PAGE) para los polimorfismos bioquímicos (AHT4, AHT5, HMS2, HMS6, HMS7, ASB2 Y HTG6) se realizaron amplificaciones específicas de cada locus mediante la reacción en cadena de polimerasa (PCR) seguia por electroforesis en geles de pliacritamida desnaturalizantes teñidos con nitrato de plata. todos los marcadores protéicos y moleculares resultaron polimórfidos en los PPA y en los CA, haciendo posible establecer el perfil genético de cada una de ellas. Se evaluaron los posibles mecanismos evolutivos de diferenciación genética entre y dentro de las razas en estudio. Ambas razas presentan un exceso de homocigotas que se pone más aún de manifiesto cuando se analizan en forma conjunta, hecho deberse a la deriva génica y la endogamia.
Desde el punto de vista del origen histórico, las evidencias disponibles establecen que los caballos evolucionaron en América. Los equidae se extinguieron hace 10000 años. Más tarde fueron reintroducidos por los conquistadores, existiendo diferentes criterios a cerca de esto. A este respecto en el presente trabajo se estableció una mayor relación, de las razas estudiadas, con los caballos Bereberes (BE) y los ponies españoles Asturcones (AS), que con los Pura raza española (PRE).
Por último se determinaron los valores de Poder de exclusión (PE) de cada sistema en particular y en conjunto para cada raza, con el fin de establecer parámetros para pruebas de identidad y filiación. Los sistemas de microsatélites resultaron más eficaces que los polimorfismos bioquímicos.