Multiplicidad de microorganismos forman parte de la flora normal de los caninos domésticos, con diferentes localizaciones, siendo inocuos e incluso benéficos para la salud de dichos animales. La cavidad oral, por su conformación anatómica y diversidad de tejidos que se encuentran allí, facilita la coexistencia de variados ecosistemas microbianos. Muchos de estos revisten especial importancia tanto para la salud animal como para la humana. Es así, por ejemplo, que los Staphylococcus son microorganismos residentes en la microbiota normal de las mucosas y piel tanto de humanos como de animales.