La Pampa Deprimida es una región que presenta características restrictivas para la agricultura, dada por sus suelos salinos, alcalinos y con inundaciones frecuentes. En este contexto, la actividad ganadera es una alternativa para el uso de estas tierras. Sin embargo, la escasez de leguminosas nativas con valor forrajero ha llevado a la introducción de especies y prácticas, como la promoción mediante el uso de herbicidas para asegurar su implantación. Este es el caso de la introducción de la leguminosa forrajera Lotus tenuis, que fue incorporada en los sistemas ganaderos por su productividad y tolerancia al estrés abiótico. La aplicación de esta práctica de manera continua modificó la comunidad florística, pasando de una pradera de gramíneas a un monocultivo de L. tenuis. Estos cambios se ven reflejados en las características físicas y químicas del suelo, afectando a las comunidades bacterianas y fúngicas que conforman el microbioma del ambiente edáfico. Las excretas de los animales que forman parte del sistema, pueden generar modificaciones en el microbioma de los suelos, debido a que provienen de dietas con diferente composición proteica. El objetivo del trabajo fue evaluar el microbioma del suelo de dos sistemas ganaderos: 1- Pastizal Natural; 2- Monocultivo de L. tenuis, considerando los efectos de la presencia de la pastura y las excretas de animales alimentados con estos recursos.