La asignatura Trabajos Experimentales en Química Orgánica II es una materia obligatoria del último año de la carrera Licenciatura en Química, específicamente en la orientación Química Orgánica. El Programa de la asignatura se ha visto inalterado en la última modificación del plan de estudio de la carrera Licenciatura en Química del año 2013 respecto al plan de estudio del año 2001, aunque, en los hechos, los docentes de la asignatura en forma personal han ido modificando las metodologías de trabajo experimental debido a diferentes razones y condiciones de trabajo. Como innovación, en este trabajo, se propone contribuir a profundizar el mejoramiento de la enseñanza de la asignatura a partir de una mayor articulación de la propuesta pedagógica de la asignatura con el perfil del egresado que propone el nuevo Plan de Estudio de la carrera. Para llevar a cabo este trabajo se identificaron los ejes de contenidos de la asignatura que se desprenden del Plan de Estudio y se realizó un proceso de selección y ordenamiento de los contenidos que se enmarcó en los alcances profesionales de la Licenciatura en Química. Además, se diseñaron nuevos lineamientos metodológicos para el desarrollo de la enseñanza y para promover la reflexión crítica entre todos los docentes que formamos parte de la orientación Química Orgánica.