La UNNOBA fue creada por el Decreto 2617/2002 PEN (2002) y la creación ratificada por la Ley 25824/2003 (2003). Tiene su sede en la ciudad de Junín, donde se encuentra el asiento de las autoridades centrales y una sede en la ciudad de Pergamino. Está organizada con una estructura de escuelas y departamentos.
La UNNOBA, de acuerdo con la delimitación efectuada en el informe sobre Índice de Desarrollo Humano de la Provincia de Buenos Aires, está ubicada en la Región II, compuesta por 34 partidos y caracterizada principalmente por la riqueza de los suelos y la actividad agrícola y ganadera; la homogeneidad del contexto económico-social y los ejes de desarrollo formados por las rutas nacionales 5, 7 y 8, sobre las que se ubican distintos centros urbanos de importancia. El proyecto institucional de la UNNOBA (2004) definió las características socioeconómicas y productivas de la región con un perfil eminentemente agrícola, valorando fuertemente la incidencia de la riqueza regional en el sector primario, pero destacando también las actividades del sector.