En el contexto de procesamiento paralelo en clusters, existen muchas líneas de investigación que aún están abiertas a nivel internacional. Las dos más importantes que se tienen en cuenta en esta línea de investigación son: a) rendimiento paralelo y b) creación de ambientes de desarrollo y ejecución de aplicaciones en clusters. En el contexto de rendimiento paralelo se tienen en cuenta aspectos tales como la optimización, estimación y modelización; todos temas que aún no han sido resueltos en general y en el mejor de los casos se han presentado soluciones para algunas áreas de aplicación. En el contexto de ambientes de desarrollo y ejecución de aplicaciones en clusters se tiene en cuenta la posibilidad de proveer a los usuarios una "imagen única del sistema", o Single System Image (SSI) al menos en algunos aspectos o subsistemas específicos que son de interés general.