La ictiofauna de la laguna de Lobos se conoce parcialmente a través de los datos de Aramburu y Meni (1967), Ringuelet et al. (1967) y Freyre (1976). Como resultado del relevamiento efectuado por integrantes de la Sección Ictiología del Instituto de Limnología "Dr. Raúl A. Ringuelet", dentro del programa "Estudio hidrobiológico de la laguna de Lobos y su cuenca", se comprobó la presencia de 22 especies pertenecientes a 13 familias ubicadas en 6 órdenes.