La Sección Ictiología en la División Zoología Vertebrados ocupa un lugar importante en cuanto a su actividad y producción científica. Sin embargo, el crecimiento de la Colección Ictiológica no ha sido proporcional a las investigaciones realizadas. Esto se debe principalmente al apoyo inadecuado de la Institución durante muchos años. Las malas condiciones edilicias de los depósitos, sumadas a la falta de espacio y de personal capacitado para su organización y mantenimiento, fueron los motivos que impidieron su crecimiento. El 80% del material existente en la colección corresponde a peces continentales, dado que hacia estos ambientes se han orientado históricamente las principales investigaciones. Los ejemplares se encuentran preservados, en su gran mayoría, en frascos de vidrio que contienen una solución de etanol al 70%, y en el caso de los ejemplares diafanizados y teñidos, en glicerina pura, aunque aún existen algunos lotes conservados en solución de formaldehído. A partir del año 2009, la colección participa del Fondo iBOL Argentina, siendo receptora de tejidos y ejemplares vouchers de referencia.