El potencial turístico de la costa atlántica de Uruguay entraña un riesgo de contaminación y eutrofización de sus lagunas costeras. La laguna de Rocha sería de las más amenazadas por el grado de ocupación de su cuenca y fácil acceso. Actualmente no muestra signos importantes de alteración, lo que permite realizar estudios en condiciones casi naturales, anticipando los efectos de una eutrofización hipotética. Los factores ambientales, especialmente el viento, profundidad, hidrología y la dinámica de la barra arenosa que separa periódicamente la laguna del océano Atlántico, determinan las características fisico-químicas del agua y hacen poco relevante los componentes biológicos en la organización del ecosistema. La laguna no presenta asentamientos humanos en sus márgenes, pero sí sus principales afluentes. Los arroyos Rocha y La Paloma reciben respectivamente el saneamiento de una pequeña ciudad, y los efluentes de una procesadora de pescado, mientras Las Conchas drena áreas suburbanas. En cada arroyo se tomaron muestras estacionales de agua, sedimentos y zoobentos, en un sitio de control, otro de impacto, y un tercero cerca de cada desembocadura en la laguna para determinar la influencia de los aportes fluviales en la misma.
Si bien el bentos está dominado por oligoquetos tubifícidos en sitios donde el oxígeno, PO4 y NH4, muestran cierta contaminación orgánica, factores naturales como la granulometría y el gradiente salino serían más importantes para la composición de esta comunidad. Las estaciones cercanas a las desembocaduras, con conductividad más alta que aguas arriba, presentaron una fauna similar a la del norte de la laguna. En el resto de las estaciones, los organismos más frecuentes y abundantes fueron los quironómidos (Polypedilum, Chironomus y Tanytarsus), seguidos de efemerópteros y coleópteros en las estaciones de control, y de abundantes oligoquetos, principalmente Aulodrilus, en las de impacto de los arroyos Rocha y La Paloma. El número de taxa y la diversidad son naturalmente bajas en estos arroyos de sustrato fino y homogéneo. Sólo en verano la diversidad fue significativamente menor en las estaciones de impacto. Sin embargo, la contaminación no se traduce en aportes a la laguna, destacándose el papel del monte ripario en el arroyo Rocha.
