El género Pestivirus pertenece a la familia Flaviviridae, la cual también incluye a los géneros Flavivirus y Hepacivirus (Virus de la Hepatitis C). Dentro del género Pestivirus hay cuatro especies reconocidas por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV). Estas son Bovine Viral Diarrea Virus 1 (=BVDV 1, Pestivirus Type 1), Bovine Viral Diarrea 2 (=BVDV 2, Pestivirus Type 4), Classical Swine Fever Virus (=Pestivirus Type 2, Hog Cholera Virus, CSFV) y Border Desease Virus (=Pestivirus Type 3, BDV). Como los nombres sugieren, BVDV 1 y BVDV 2 infectan principalmente ganado bovino.