El actual logotipo del Museo -el anterior era un tigre de dientes de sables o Smilo- don, basado en los que yacen a ambos lados de la escalinata de acceso- nació como colaboración entre el Museo y la Facultad de Bellas Artes, que encaró varias tesis de Licenciatura en Comunicación Visual por intermedio de estudiantes que concluían la carrera. Concretado en 1988, el diseño básico aceptado abandona la representación figurativa y propone una imagen geométrica que simboliza visualmente al Museo.