Al igual que el hombre, los museos evolucionaron, y los criterios que guiaron la búsqueda, recuperación y exhibición de objetos se modificaron a través de los siglos. En el curso de los últimos cien años, los museos de ciencias se diferenciaron de los museos de arte en su interés por entender la funcionalidad y significado de las piezas, es decir, buscaron ir más allá de su belleza y exploraron el sentido que tenían para quienes las fabricaron y las usaron.
Tanto las salas de exhibición del Museo como la organización de sus depósitos reflejaron esta transformación, empezando a presentar muestras en las que las piezas eran elegidas no por su belleza sino por su potencial de sintetizar una actividad, un período o una asociación de rasgos propios de la cultura de cierto grupo. Por su parte, las nuevas colecciones que ingresaron fueron estructuradas como conjuntos de objetos asociados a datos referidos al sitio en que fueron hallados, al contexto en que se produjo dicho hallazgo y a las relaciones entre los diversos elementos incluidos en el mismo.