Las enfermedades transmitidas por vectores en caninos son causadas por distintos patógenos (bacterias, protozoarios y helmintos), cuya transmisión es dependiente de la bionomía y distribución de ciertos vectores competentes (garrapatas, moscas, flebótomos, mosquitos, etc.). El presente trabajo tuvo como objetivo detectar la presencia de patógenos transmitidos por vectores en 500 muestras de sangre canina de la ciudad de Guayaquil (Ecuador), mediante técnicas hematológicas y posterior confirmación con técnicas moleculares (PCR, PCR-RFLP y secuenciación). Además, se describieron las principales alteraciones hematológicas cuantitativas y cualitativas observadas en los animales infectados. Se detectó una tasa de infección para los distintos patógenos transmitidos por vectores del 8%, siendo: piroplasmas intraeritrocitarios 5%; mórulas intraleucocitarias 2,2% y microfilarias circulantes 0,8%. No se registraron coinfecciones en la observación microscópica. El tratamiento con enzimas de restricción del producto de amplificación por PCR de todas las muestras con piroplasmas al microscopio, evidenció un patrón de corte característico para la especie Babesia vogeli. Las secuencias obtenidas de los productos de amplificación por PCR específicas de los 3 grupos de patógenos se compararon con las secuencias reportadas en el Genbank. Se obtuvo 100% de identidad con Babesia vogeli en las muestras con piroplasmas intraeritrocitarios y 99-100% de identidad con Ehrlichia canis en las que presentaron mórulas intraleucocitarias. En los casos con microfilarias se obtuvo 99-100% de identidad con Dirofilaria immitis en 3 muestras y 100% de identidad con Dipetalonema (Acanthocheilonema) reconditum en una muestra. Las principales alteraciones hematológicas detectadas fueron: anemia, trombocitopenia, presencia de monocitos activados, policromacia y macroplaquetas. El presente estudio constituye la primer descripción molecular de E. canis, B. vogeli, D. immitis y A. reconditum en perros de la ciudad de Guayaquil, Ecuador.