Se caracterizó el acervo de muestras de individuos negros provenientes de dos regiones del norte del Ecuador (región andina: Imbabura y Pichincha; región costera: Esmeraldas) por medio de tres sistemas genéticos (ADNmt, cromosoma Y y marcadores autosómicos. La mezcla génica de 119 individuos negros (58 individuos de Imbabura y Pichincha, y 61 individuos de Esmeraldas) se obtuvo por medio de 10 polimorfismos autosómicos bialélicos. Se analizaron además, 116 individuos para 16 marcadores mitocondriales y 37 varones para 6 polimorfismos específicos del cromosoma Y. Los resultados para en la región costera de marcadores autosómicos mostraron el aporte de grupos europeos y amerindios a un acervo principalmente africano (58% ±5); los linajes determinados por medio del ADNmt en esta región resultaron: el 72% de origen amerindio y un 28%, africano. La región andina presentó un acervo autosómico de origen mayoritariamente europeo (50% ± 5) y africano (53% ±1); mientras que los linajes mitocondriales resultaron amerindios y africanos en un 53% y 47%, respectivamente. Los marcadores específicos del cromosoma Y permitieron resolver el origen étnico/geográfico de los linajes en un 58% de los varones. Las diferencias obtenidas a través de los tres sistemas muestran el apareamiento direccional que se corresponde con la historia del contacto interétnico sucedido en las regiones estudiadas.