Los nativos americanos constituyen un grupo muy diverso que en tiempos históricos sufrió reducciones numéricas y aislamiento. Su origen y evolución aún no han sido esclarecidos totalmente. Los resultados obtenidos para 5 marcadores polimórficos diploides de ADN microsatélite permitieron analizar la estructura genética de las poblaciones amerindias Lengua, Ayoreo, Chorote y Tehuelche. Existe una alta variabilidad interpoblacional, indicada por valores altos de Fst en tres microsatélites: F13B: 10%; vW: 8%; LPL 12%. Asimismo, las etnias Lengua, Ayoreo y Chorote han sufrido una disminución en la variabilidad intrapoblacional, presentando bajos valores de heterocigosidad y escaso número de alelos. Esto sugiere el efecto de la deriva genética, en estas tres etnias chaqueñas. Por otra parte, los Tehuelche presentan mayor número de alelos y alelos modales diferentes de los chaqueños. Esto se explicaría por un proceso de flujo genético ocurrido principalmente con caucasoides y en menor medida con otros grupos nativos. Existen datos históricos de flujo génico con caucasoides en el sur argentino desde la época de la "Campaña del Desierto". Los dendrogramas de distancia genética agrupan a los Lengua-Chorote-Ayoreo, quedando separados los Tehuelche. Esta similitud se debería a los diferentes procesos que tuvieron efecto sobre las etnias, como así también a la procedencia geográfica de las etnias del Gran Chaco, que habrían tenido cierto flujo migratorio entre sí. Las etnias Lengua y Chorote presentan el menor valor de distancia genética. Este agrupamiento es coincidente con otros cálculos de distancias. La acción combinada de la deriva genética y el flujo genético podría explicar la gran diferenciación hallada en estas poblaciones amerindias.