Cryptosporidium es un género de parásitos protozoos que afecta a todas las especies de mamíferos, peces, reptiles, y aves. En los últimos años, distintas causas de inmunosupresión, en particular el VIH-SIDA, lo han situado como un patógeno emergente. Más de 200 drogas han sido ensayadas tanto in vitro como in vivo para el tratamiento de la infección por Cryptosporidium, y ninguna ha demostrado ser totalmente efectiva. El incremento de pacientes inmunosuprimidos ha aumentado la necesidad de encontrar un tratamiento adecuado para esta infección. Los microorganismos probióticos constituyen una alternativa terapéutica interesante, ya que podrían interferir en el ingreso del parásito a las microvellosidades intestinales. El uso de probióticos en forma individual o sinérgica con drogas antiparasitarias podría acelerar el clearance parasitario, evitando las complicaciones secundarias a la diarrea crónica.