La mayoría de los modelos vigentes del poblamiento americano coinciden en postular que los amerindios son relativamente homogéneos y se originaron a partir de poblaciones mongoloides del NE asiático. En este trabajo se realiza un análisis limitado a un modelo evolutivo de la morfología craneofacial amerindia. Los objetivos son: a) obtener una medida de la diversidad en los amerindios sudamericanos y su contribución a la diversidad mundial y b) obtener sus distancias genéticas extracontinentales. Se tomaron 43 mediciones de 435 amerindios de Sudamérica y fueron comparados junto a 2030 cráneos africanos, europeos, australo-melanesios, polinesios, asiáticos sinodontes y sondadontes y amerindios norteamericanos. Mediante el cálculo de la matríz R se obtuvo el valor de Fst y las distancias genéticas intercontinentales. Los resultados indican que los amerindios sudamericanos presentan mayor varianza que la esperada, pero no contribuyen de modo significativo a la variabilidad mundial (Fst = 0.082, con heredabilidad completa); los dos eigenvectores, obtenidos de la matriz R, indican que los amerindios norte y sudamericanos presentan la mayor similitud con polinesios, en tanto que los asiáticos se acercan a europeos. Se propone que los amerindios se originaron a partir de una población no mongoloide, que constituiría el ancestro común con polinesios. La diversidad hallada se explica por una intensa subdivisión poblacional en un amplio rango geográfico, a fines del Pleistoceno, que favoreció los mecanismos de deriva y selección.