El objetivo de nuestro trabajo fue cuantificar el aporte génico diferencial en las diversas regiones del Uruguay. Con vista al objetivo planteado se analizó la distribución de 5 marcadores genéticos clásicos: ABO, RH, HLA-A, HLA-B y HLA-C en 840 uruguayos. La muestra fue estratificada en 4 regiones de acuerdo al lugar de nacimiento de cada individuo: Norte, Centro, Sur y Ciudad de Montevideo. El análisis de la variación de las frecuencias alélicas totales indicó que el nivel de diferenciación interregional es bajo (Gst = 0.0025), lo que señala un bajo nivel de divergencia genética entre las regiones consideradas. Los valores de distancia genética (DA) entre las regiones fueron consistentemente bajos; siendo los valores más altos los encontrados entre Montevideo vs. Centro y Centro vs. Sur. Los dendogramas confeccionados sobre la base de las distancias genéticas indican una clara separación de la región Centro de las otras regiones. Los porcentajes de mezcla estimados revelan que el aporte predominante para todas las regiones es el de origen europeo, seguido del amerindio, y por último el africano. Se observó una cierta heterogeneidad en la distribución de los porcentajes de mezcla entre las regiones consideradas, en particular el aporte africano, el que presentó su valor más alto en la región Sur (7.9%), seguido de Montevideo (5.1%). Los resultados obtenidos reflejan un intenso proceso de mestizaje, con posibles variaciones regionales.