En el presente trabajo se caracterizaron 37 aborígenes Mbyá-Guaraní de diversos asentamientos de la provincia de Misiones en 7 microsatélites (STRs) del cromosoma Y (DYS19, DYS389 I y II, DYS390, DYS391, DYS392, y DYS393). La extracción de ADN se realizó a partir de muestras de hisopado bucal, a partir de una técnica basada en el uso de tiocianato de guanidina. Los polimorfismos fueron determinados mediante amplificación por PCR, separados en geles desnaturalizantes de poliacrilamida y luego visualizados por tinción con plata. El rango de variación de alelos y frecuencias encontradas en los STRs del cromosoma Y coincide, en general, con lo observado en otras poblaciones amerindias de la región. La excepción está dada por la alta incidencia (cercana al 50%) del alelo 11 (115pb) del sistema DYS393, encontrado únicamente en unos pocos individuos del área amazónica y de Centroamérica. Este resultado, sumado a otras evidencias obtenidas a partir de marcadores mitocondriales, sugiere la acción de fuerzas evolutivas aleatorias (deriva génica, efecto fundador), a partir de un evento migratorio desde la zona anteriormente mencionada.