El sistema de respuestas de la planta a los patógenos, no está bien estudiado en las leguminosas. Esto sugiere que se desconoce cuál es el rol que cumplen los genes de resistencia de la planta en la nodulación. Podría suponerse que el apilamiento de diversa cantidad de genes de resistencia debería tener un impacto diferencial sobre la nodulación de los cultivares. Por otro lado, es de interés el rol de los flavonoides en la interacción rizobio-leguminosa y patógeno-leguminosa. Éstos son compuestos polifenólicos, que participan en promover la relación simbiótica entre las leguminosas y los rizobios, que conduce a la formación de nódulos fijadores de nitrógeno. Trabajos previos afirman que el perfil y el contenido de flavonoides pueden variar según el año, el genotipo del cultivar e incluso ser modificados por efectos del medio ambiente. Probablemente estas diferencias en la cantidad y calidad de los flavonoides podrían tener impacto en la nodulación y fijación de nitrógeno. Por lo tanto, es de particular interés considerar la eficiencia de nodulación que tendrían las cepas de B. japonicum en diversos cultivares de soja que difieren en el contenido de genes de resistencia al ataque de patógenos, en los que la composición de los exudados es variable. Los objetivos de este trabajo fueron, por un lado determinar la producción de flavonoides de dos cultivares de soja, Essex y Forrest, que difieren en los genes de resistencia codificados en su genoma. Además, determinar la capacidad de nodulación de los cultivares que son casi isolíneas, con una selección de rizobios nodulantes de soja aislados de suelo. Los resultados obtenidos mostraron que las plantas de soja del cultivar Essex (con menos genes de resistencia a enfermedades codificados en su genoma) nodularon más que las del cultivar Forrest. La respuesta de las plantas, es en parte el resultado de la interacción de los flavonoides con los rizobios y por esta razón el contenido diferencial de flavonoides de los cultivares como así también las diferencias en los genes de resistencia a enfermedades codificados en sus genomas podrían afectar la capacidad de nodulación y fijación de nitrógeno de la soja.