El cariotipo de Amphisbaena munoai es descripto en base a cuatro ejemplares provenientes de la localidad típica, Cerro de las Ánimas, en el departamento de Maldonado, Uruguay. Los cuatro individuos, dos machos (GSKR-118 y 135), y dos hembras (GSKR-116 y 117), fueron ingresados provisoriamente en la colección de campo del autor.