Hyla uruguaya es un pequeño Hílido que fue descripto sobre la base de 5 ejemplares procedentes de Quebrada de los Cuervos, Departamento de Treinta y Tres, Uruguay (Schmidt, 1944). Su posición taxonómica ha sido largamente discutida (e. g. Barrio, 1967; Langone, 1990; Kolenc et al., 2003), existiendo consenso en la actualidad sobre su validez como especie. Sin embargo, existen dudas sobre su correcta ubicación genérica, debido a que su morfología larval sugiere una fuerte afinidad con las especies de Scinax del clado ruber (Kolenc et al., 2003), así como sobre su relación con Hyla pinima Bokermann y Sazima, 1973, especie endémica de la Sierra de Cipó (Minas Gerais, Brasil) y posible sinónimo junior de Hyla uruguaya (Langone, 1990; Kwet, 2001; Kolenc et al., 2003; Eterovick y Sazima, 2004).