Las enfermedades transmitidas por vectores en caninos suponen un desafío para el veterinario debido a la presentación clínica inespecífica, la presencia de infecciones subclínicas y la co-infección de agentes infecciosos. La ehrlichiosis monocítica canina (EMC) es una enfermedad infecciosa transmitida por la garrapata Rhipicephalus sanguineus sensu lato con distribución mundial causada por Ehrlichia canis, que puede producir una enfermedad severa cuando no es diagnosticada y tratada en forma temprana. El diagnóstico presuntivo de EMC se establece mediante los hallazgos epidemiológicos, signos clínicos y alteraciones hematológicas y bioquímicas compatibles. La confirmación de la enfermedad se realiza en forma directa mediante la detección del agente en extendidos sanguíneos o su ADN utilizando la reacción en cadena de la polimerasa o indirectamente por métodos serológicos demostrando la presencia de anticuerpos específicos con un título mínimo de corte o seroconversión. El objetivo de este estudio fue comparar el método serológico basado en la inmunocromatografía y la técnica de PCR para el diagnóstico E. canis en caninos sospechosos de Ciudad Autónoma de Buenos Aires y del sur del Gran Buenos Aires. Se utilizaron muestras de sangre con anticoagulante EDTA de animales con diagnóstico clínico presuntivo de EMC y de caninos clínicamente sanos. El diagnóstico serológico se realizó mediante la prueba inmunocromatográfica SPEED® EHRLI (BVT, Francia). Para la detección molecular se utilizó una PCR de tamizaje que amplifica un fragmento de 345 pb del gen que codifica para la subunidad 16S del ARNr de la familia Anaplasmataceae. Las muestras positivas se procesaron posteriormente mediante una PCR anidada específica de E. canis. En el grupo de caninos clínicamente sanos no se detectó la presencia de E. canis mediante PCR ni anticuerpos específicos con la prueba inmunocromatográfica. En el grupo donde inicialmente se había solicitado la serología (2 y 3) la concordancia entre las pruebas fue escasa (0,200 95% IC -0.021- 0.421) mientras que en el grupo donde la prueba inicialmente solicitada fue la técnica de PCR la concordancia entre las pruebas fue adecuada (kappa: 0,650 95% IC 0.340-0.960). La concordancia entre las pruebas evaluadas en el total de la población estudiada fue moderada (kappa 0,496, IC 95% 0,311-0,682). En conclusión, los resultados de nuestro estudio sugieren que la utilización de pruebas serológicas rápidas inicialmente, junto con la posterior confirmación mediante PCR permitirán mejorar el diagnóstico de la EMC.