El proceso de faena juega un rol fundamental para el bienestar animal, la calidad de la carne, la seguridad y la salud pública a través de la cadena de producción de carne. En este estudio, se realizaron evaluaciones integrales, implementación de acciones de mejora y verificación de impacto en tres frigoríficos de la provincia de Buenos Aires, Argentina. El riesgo se cuantificó en una escala de 1 a 100 y se clasificó en alto (1 a 40), moderado (41 a 70) y bajo (71 a 100). Se tomaron muestras (carcasa, n = 252; medio ambiente, n = 252; carne de cabeza, n = 21; agua de lavado y enfriamiento de vísceras, n = 105) durante el período de estudio de tres años (2016-2018), para la detección y aislamiento de Salmonella spp., STEC O157:H7 y no O157. También se analizaron muestras de medias reses para recuento de microorganismos mesófilos aerobios, coliformes y Escherichia coli. Se tomaron doscientas muestras de agua, de las cuales, el 59,3% eran no potables. Después de la implementación de acciones de mejora (edilicias, procesos, sistemas de potabilización de agua y capacitación), el riesgo de contaminación se redujo de alto a moderado en los tres frigoríficos. El recuento de microorganismos indicadores disminuyó en dos frigoríficos y también se observó una reducción importante en la presencia de patógenos. En la etapa de verificación, el 82,2% de las muestras de agua eran potables. Se detectaron clones circulantes de STEC O157:H7, no-O157 y Salmonella enterica, demostrando la presencia de contaminación cruzada entre los productos entre sí y con el ambiente, destacando la importancia de la aplicación correcta de los POES. Este es el primer paso dentro de un proceso de cambios. Sin embargo, es fundamental que la autoridad sanitaria continúe trabajando, para que el riesgo de contaminación en cualquier día o momento de trabajo sea bajo.