La población bacteriana adquiere resistencia a través de dos mecanismos principales: mutaciones y transferencia genética. Las mutaciones tienen lugar por un proceso de selección natural dada por la exposición bacteriana a concentraciones subinhibitorias de ATM. En la transferencia genética la resistencia es adquirida de forma horizontal donde se requiere una bacteria donante de genes de resistencia. Existen dos grandes factores que aceleran la aparición de resistencia antimicrobiana, por un lado el uso y mal uso de ATM en medicina humana y veterinaria y por el otro factores de stress en el medio ambiente como consecuencia de preservación de los alimentos tales como pH bajos subletales, altas concentraciones de cloruro de sodio, alta osmolaridad y faltas de nutrientes.