En este trabajo presentamos las dificultades metodológicas encontradas en el desarrollo de una beca de investigación cuyo objeto de estudio es la dimensión territorial de las políticas de conocimiento en las universidades nacionales argentinas, en un contexto de globalización. La investigación sobre políticas de conocimiento en universidades nacionales debe enfrentar serios obstáculos al lidiar con instituciones grandes, institucionalmente diversificadas y fragmentadas en un sentido organizacional e incluso espacial. La tarea del investigador se encuentra con instituciones internamente fracturadas, con lógicas diversas en tensión, con múltiples actores interactuando en formas conflictivas. En efecto, en las universidades argentinas difícilmente pueda hablarse de una política de conocimiento unívoca. Así, en las siguientes páginas presentaremos una discusión metodológica que, creemos, es necesario desarrollar en sus implicancias teóricas para los estudios de la educación superior.