Regularmente en las investigaciones y estudios se observan dos cuestiones criticas: el sujeto de estudio se encubre, se oculta o de plano se niega, y no se logra plantear la problemática de investigación, de manera que no se da cuenta de la complejidad del hacer del sujeto que despliega la problemática que se pretende estudiar. Esta preocupación es nuestro punto de partida para presentar una reflexión acerca de los desafíos metodológicos y epistémicos en la comprensión de los procesos anticapitalistas y de la autonomía. En todo trabajo de investigación, como en toda producción de conocimiento, hay un sujeto situado reflexivo y se plantea un problema concreto, sin embargo no necesariamente se presenta en el proyecto de investigación; cuando aquel exige una forma de hacer la investigación y saber pensar la problemática que se quiere conocer, e implica capacidad de reflexividad, conciencia histórica y conciencia epistémica.