La Inseminación Artificial (IA) con semen bovino criopreservado está ampliamente instaurada desde hace décadas en los establecimientos lecheros del mundo. La técnica tiene gran impacto en el mejoramiento genético, en los índices de producción y en laprevención de enfermedades. Para ello, el semen debe ser extraído, procesado y almacenado higiénicamente para que sea de buena calidad. Asimismo, es crucial que se realice la IA en el momento oportuno aplicando la técnica adecuada. Para garantizar la calidad se debe proceder a la evaluación de la calidad espermática y microbiológica ya que el semen puede vehiculizar bacterias, virus y hongos patógenos y oportunistas capaces de sobrevivir a los antibióticos y al proceso de criopreservación. Este último es un aspecto importante si consideramos que durante la IA el semen es depositado en el útero y de esta manera, se evitan los efectos bactericidas de las secreciones vaginales. El objetivo del presente trabajo fue identificar las especies fúngicas aisladas de dos pajuelas provenientes de un reproductor de raza lechera nacional y caracterizar su perfil de susceptibilidad in vitro a los antifúngicos triazólicos voriconazol, itraconazol y posaconazol y a la anfotericina B. La identificación macro y microscópica de dichos aislamientos fúngicos permitió identificarlos como Aspergillus sección Fumigati y Aspergillus sección Terrei.