La gestión ambiental apropiada en producciones intensivas requiere identificar las áreas de riesgo para controlar o reducir sus efectos sobre la contaminación. En feedlot, la contaminación localizada de suelos y aguas subterráneas y superficiales, emergente de la acumulación de deyecciones y movimiento de efluentes, constituye el área de mayor riesgo ambiental.
Los residuos ganaderos son portadores de poblaciones microbianas y la industria frigorífica contribuye hasta en un 30% a la contaminación de las aguas.
Escherichia coli productor de toxina Shiga (STEC) y Samonella spp., son bacterias patógenas asociadas a infección humana por consumo de alimentos contaminados.