La propuesta de la presente Tesis es la implementación del uso de la simulación computarizada para innovar el proceso de secado en el café pergamino por medio de las microondas y fluidización, teniendo en cuenta las características físicas del producto. Para completar este estudio se explica y resuelve los modelos matemáticos teniendo en cuenta el grano café y el sistema completo de secado que incluye la cavidad del horno microondas y cámara de secado, donde se describe la transferencia de cantidad de movimiento, energía y masa. El modelo además consideró el encogimiento de los granos debido al secado. Se realizaron experimentos en equipos prototipos experimentales obteniendo las curvas de secado, las cuales se utilizaron para validar el modelo matemático. Por otra parte, se incluye el estudio de parámetros de calidad, a través del análisis del contenido de polifenoles totales y la capacidad antioxidante. Las determinaciones se realizaron utilizando los métodos de Folin-Ciocalteau y de radicales libres DPPH•, respectivamente. Finalmente, los parámetros de calidad fueron relacionados con las condiciones de operación mediante la metodología de regresión polinomial y función de conveniencia.