La cryptosporidiosis constituye la principal causa de diarrea crónica grave en el contexto de la coinfección por VIH, que se caracteriza por la persistencia y recurrencia; el cuadro se autolimita cuando los linfocitos T CD4+ aumentan a más de 200/mm3. Estos pacientes excretan un elevado número de ooquistes, que se sostiene aún luego de haber cesado el cuadro diarreico. En las personas con inmunodeficiencia se deben considerar, además de la transmisión fecal-oral, la vía inhalatoria, causante de enfermedad pulmonar. Determinadas prácticas como las relaciones sexuales de hombres con hombres y la promiscuidad, se han relacionado con una mayor prevalencia de la infección por contacto directo. En Argentina, la criptosporidiosis continúa siendo una enfermedad marcadora de SIDA de elevada prevalencia. En un estudio realizado en pacientes con SIDA y diarrea crónica que se atienden en el Hospital de Florencio Varela, Buenos Aires, la cryptosporidosis tuvo una prevalencia del 44 %. Estudios de genotipificación realizados en pacientes con SIDA han identificado principalmente a C. parvum y C. hominis como los principales causantes de la infección y parecen ser más propensos a otras especies de origen animal, tales como C. canis, C. felis, C. muris, C. meleagridis, siendo la inmunodeficiencia la principal determinante de la mayor susceptibilidad a estas especies, que generalmente no son infecciosas para los humanos.