En este trabajo se estudiaron diez marcadores genéticos del tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP) y cinco del tipo inserción-deleción (InDel) presentes en la región no pesudoautosómica del cromosoma X del ADN de la población bonaerense. Se encontró que la población bonaerense es muy diversa genéticamente en la zona del cromosoma X estudiada en este trabajo, dados los altos valores de heterocigosis, el alto número de haplotipos, y otros parámetros poblacionales. No se evidenciaron fuerzas de cambio poblacional marcadas que estén afectando a la variación de estos marcadores del cromosoma X. Los resultados arrojan similitudes genéticas importantes en el cromosoma X con las poblaciones europeas, y diferencias genéticas notables con poblaciones nativas originarias de Argentina, lo cual concuerda con los antecedentes históricos poblacionales de la población bonaerense. Los marcadores que son de mayor aplicación para estudios poblacionales son MID 3754, MID 193, rs149910 y rs933315, mientras que los marcadores rs1991961, rs1781104, MID 3756 y MID 1540 podrían tener aplicación en ciencias de identificación, quedando pendiente su evaluación.