La resistencia a los antimicrobianos (RAM) fue declarada por la Organización Mundial de la Salud como un desafío del siglo 21. La RAM debe ser monitorizada a través de un control intersectorial, incluyendo salud humana, animal y ambiente. Los animales silvestres son bioindicadores de contaminación ambiental, siendo las aves centinelas de RAM en diferentes ecosistemas. En este estudio, se identificaron los perfiles fenotípicos y genotípicos de resistencia a los antimicrobianos de importancia crítica en pinzones de Darwin. Se colectaron muestras de hisopados cloacales (n= 384) de pinzones de tres zonas de la Isla Santa Cruz, Galápagos, Ecuador. En cepas de Escherichia coli (n= 136) se observó un porcentaje significativo (p≤0,05) de RAM para ampicilina (50%), tetraciclina (31,6%), trimetoprima sulfametoxazol (14,7%) y cloranfenicol (11,1%); los tres últimos tuvieron una mayor proporción en la zona agropecuaria. Además, se identificaron los genes de resistencia a betalactamasas, tetraciclina y colistina en cepas de E. coli. Se identificó el gen blaTEM en el 23,5% y el gen blaSHV en el 1,5% de cepas fenotípicamente resistentes a la ampicilina. El gen tetA se identificó en el 83,7% de cepas fenotípicamente resistentes a la tetraciclina. No se identificaron genes de resistencia a colistina (mcr-1 a mcr-5). Por otro lado, en Enterococcus spp. se observó un porcentaje significativo de resistencia (p≤0,05) a la tetraciclina (19,75%), estreptomicina (6,92%) y ciprofloxacina (5,7%). La zona agropecuaria fue la de mayor proporción. Se identificó el gen tetM en el 75,4% de las cepas de Enterococcus fenotípicamente resistentes a la tetraciclina; no se identificó el gen vanA. Los resultados de RAM mostraron un posible impacto antropogénico asociado a las actividades agropecuarias de la Isla. No se evidenció clonalidad por PFGE en cepas de E. coli, sin embargo, se deberían realizar otros análisis para determinar las variables asociadas a la RAM en este nicho ecológico.