Institucionalmente, la UNAJ se encuentra dividida para su funcionamiento en el Centro de Política Educativa y en el Centro de Política y Territorio. Del primero depende la Unidad de Asuntos estudiantiles que lleva como objetivo central el acompañamiento, contención y orientación de los estudiantes; con diversos recursos que contribuyan a alentar las posibilidades individuales, más allá de las diferencias sociales. De esta Unidad de asuntos estudiantiles (dividida a su vez en tres departamentos: Alumnos, Bienestar Estudiantil y Orientación Educativa), y atravesada transversalmente, depende un área de discapacidad que se aboca al tema específico.
Existe además una comisión institucional que depende de la Universidad.
Al momento de la inscripción, se realiza un relevamiento donde los alumnos informan en caso de tener una discapacidad lo que nos permite realizar el primer contacto con ellos y conocer sus dificultades lo que nos ordena en las adaptaciones futuras a que realizar.