El archipiélago de Chiloé (41º44´S - 43º45´S) ubicado en el sur de Chile, fue en el pasado un importante corredor poblacional, estando actualmente habitado por los descendientes de varios grupos indígenas. Históricamente, el archipiélago de Chiloé estuvo habitado por dos etnias con modo de subsistencia marcadamente diferentes, los Chonos, canoeros nómades que habitaron los archipiélagos al sur de la Isla grande de Chiloé hasta la Península de Taitao y los Huilliches, horticultores que habitaron principalmente Chiloé continental y la Isla Grande. Además, culturalmente, los Huilliches han sido asociados a la etnia Mapuche mientras que a los Chonos se les vincula con poblaciones de canoeros fuego-patagónicos como los Kaweskar y Yamanas. En base a las frecuencias de haplogrupos mitocondriales, las poblaciones rurales de la isla han sido asociadas tanto con poblaciones Huilliches como Yamanas. En este trabajo se obtuvieron y analizaron las secuencias de la región Hipervariable I, II y III del ADN mitocondrial de 4 poblaciones rurales de Chiloé provenientes de las localidades de Carelmapu (n=41), Quetalmahue (n=41), Laitec (n=42) y Detif (n=17). Se realizaron los siguientes análisis con el fin de examinar y esclarecer las relaciones filogeográficas de estos grupos y su relación étnica: Dendograma neighbor-joining (MEGA 4.0); redes de haplotipos (Network 4.5); distribución mismatch (DnaSP 5.0); cálculos de índices de diversidad molecular, Fst y Amova, en los dos últimos se comparó con secuencias de Huilliches, Yamanas y Kaweskar (Arlequin 3.01). Los resultados obtenidos de Amova y Fst conglomeran a las poblaciones en estudio en dos grupos bien diferenciados. Por un lado tenemos a los individuos de Carelmapu, Quetalmahue y Detif, relacionados con la población Huilliche. Laitec, por el contrario, muestra una relación más cercana con poblaciones de canoeros Fuego-patagónicos que con Huilliches, a pesar de la importante distancia geográfica con los primeros. Además, las distribuciones mismatch para los haplogrupos C y D muestran diferencias entre Laitec y Carelmapu, Quetalmahue y Detif, sugiriendo una historia demográfica distinta. Todo esto, sumado a la evidencia etnohistórica de reubicación de los últimos grupos de Chonos por Misiones Jesuitas en la época de la colonia, sugiere que los habitantes de Laitec podrían corresponder a descendientes de los Chonos, hoy considerados extintos.