Francisco Pizarro conquistador del Imperio Inca fue asesinado por los almagristas el 26 de junio de 1541, sus restos fueron enterrados en uno de los espacios sepulcrales denominado Patio de los Naranjos en la entonces Catedral del Obispado de Lima, hoy Basílica Catedral de Lima. Por cuatro siglos y medio dichos restos transitaron de un espacio a otro al interior de la Catedral. Para el siglo XVII no se sabía con exactitud donde podían estar los huesos del conquistador o si se habrían perdido definitivamente a raíz de los numerosos terremotos que asolaron Lima hasta entonces. Un acta fechada en 1661 y descubierta en 1903 hace suponer que cuando menos el cráneo de Pizarro se hallaba en una caja de plomo con la siguiente inscripción "Aquí está la cabeza del Señor Marqués don Francisco Pizarro que descubrió y ganó los Reinos del Pirú y puso en la Real Corona de Castilla". No sería hasta 1977 que se descubre dicha caja de plomo conteniendo un cráneo con mandíbula en su interior, sin embargo el paradero del esqueleto post-craneal era aún un misterio; sin embargo se encontraron individuos mezclados en una caja adyacente que podían o no corresponder al cráneo de la caja. Desde entonces se llevaron a cabo dos investigaciones con el propósito de autentificar los restos, sin embargo los resultados entonces obtenidos fueron muy ambiguos de manera tal que se presentaron ambos informes hasta 1984 con resultados contradictorios entre si. El "Proyecto Académico de Investigación Bioarqueológico e Historiográfico Francisco Pizarro- PAIBHFP" 2006-2009, tiene como principal propósito la reconstrucción de la vida biográfica y osteobiográfica del conquistador Don Francisco Pizarro sobre la base de estudios historiográficos, arqueológicos y bioantropológicos; para lo cual se llevó a cabo un estudio sistemático y paulatino de las fuentes documentales que se tienen sobre su vida, así como un análisis minucioso del material óseo recuperado de su tumba, análisis biológicos de restos orgánicos relacionados, radiológicos, físico químicos y otros; con el propósito de establecer relaciones que nos permitan dar un diagnóstico más certero sobre la autenticidad de sus restos. Esta ponencia básicamente desarrollará los métodos tradicionales de la antropología física utilizados en el establecimiento del perfil biológico del individuo y los análisis de Espectrometría de Fluorescencia de Rayos X aplicados a los restos para el establecimiento de procesos postdeposicionales que se dieron en los mismos después de su inhumación hasta ser encontrados en 1977.