En Bolivia, la mayoría de los individuos tienen dos apellidos, el primero del padre y el segundo de la madre, al igual que el sistema español. Para describir la estructura isonímica de Bolivia, se estudió la distribución de los apellidos de 12.139.448 personas, registradas en 9 departamentos y 112 provincias del país (Ministerio del Interior de Bolivia). El total de apellidos fue de 23.244.064 y el de apellidos diferentes fue de 174.922. Se correlacionaron las matrices de distancias isonimicas (euclidea, Nei y Lasker) con las distancias geográficas entre las unidades administrativas del mismo tipo (departamentos y provincias). Para las 112 provincias las correlaciones fueron: 0.545 (euclidea), 0.501 (Nei) y 0.556 (Lasker). La regresión múltiple del indicador α de Fisher con la latitud y longitud no fue significativa, pero con la altura geográfica fue altamente significativa y negativa (r= -0.72). En correspondencia con la localización de los Andes de norte a sur en la región centro-oeste de Bolivia la consaguinidad al azar fue menor en las secciones del este y más alta en las secciones occidentales montañosas. El α promedio para las 112 provincias, 9 departamentos y todo el país fue respectivamente de 122, 216 y 213. La distribución geográfica del α, alta en el este y baja hacia el oeste, es compatible con el asentamiento sucesivo de grupos de migrantes que se desplazaron desde el este y desde el norte hacia el centro y el sur de Bolivia. Con el método UPGMA se construyeron dendrogramas a partir de las matrices de distancias entre departamentos y entre provincias observándose una importante coincidencia entre el agrupamiento de provincias y el de su departamento de origen. La frecuencia relativa de apellidos indígenas se correlacionó positivamente con la altitud. Se propone que el país fue poblado por una difusión démica reciente de baja densidad sobre una población indígena de baja densidad, fenómeno probablemente común en la inmigración a Sudamérica tropical. Se concluye que la estructura poblacional actual de Bolivia es el resultado de la acción conjunta de la deriva y la migración, con predominio de la deriva sobre la migración particularmente en las regiones montañosas del país.