En las provincias de Formosa y Chaco existen comunidades pertenecientes a diversos grupos étnicos, entre los que se encuentran: Toba, Chulupí, Mocoví, Wichí y Pilagá (restringidos estos últimos a la provincia de Formosa). El objetivo de este trabajo fue investigar los polimorfismos presentes en las tres regiones hipervariables de la Región de Control mitocondrial (HVRI, HVRII y HVRIII) y las dos Regiones Variables (HV1 y HV2) que separan a las anteriores. La investigación se basó en la secuenciación completa de la región de Control (16024-576). Se analizaron un total de 168 individuos pertenecientes a tres grupos étnicos incluidos en dos familias lingüísticas: Mataco (Wichí de Formosa, N= 48) y Guaycurú (Toba de Chaco N= 27 y Formosa N=37; Pilagá de Formosa N= 56). La secuenciación completa del D-Loop se realizó empleando diez primers diferentes lo que permitió generar haplotipos de alta calidad a partir de las muestras en estudio. De las 168 muestras se obtuvieron 59 haplotipos diferentes, todos pertenecientes a los haplogrupos Nativo-Americanos. En total se observaron 6 haplotipos pertenecientes al hg A2, 30 al hg B2, 4 al hg C1 y 19 pertenecientes al hg D (de los cuales 15 son D1 y 4 pertenecerían al hg D4). Del total, sólo dos haplotipos fueron compartidos por los tres grupos étnicos, 6 lo fueron por dos grupos étnicos y 51 haplotipos fueron observados exclusivamente en alguna de las tres etnias. La mayor diversidad haplotípica fue observada en Toba (0,9419+/-0.0113) mientras que la menor diversidad fue observada en Pilagá (0,8889+/-0.0170). La distribución de haplogrupos demostró que el hg B2 es mayoritario en Pilagá y Toba de Chaco, mientras que el hg D1 es mayoritario en Wichi y Toba de Formosa. Esta investigación será complementada mediante la detección, por PCR en Tiempo Real, de SNPs ubicados en la región codificante, permitiendo determinar la pertenencia a los diferentes sub-haplogrupos Nativo-Americanos El hallazgo de polimorfismos característicos en los grupos investigados aportará información relevante para estudios genético-antropológicos de los grupos étnicos que habitan el Gran Chaco Argentino.