En los últimos años se ha prestado especial atención al rol que cumple el laboratorio de microbiología en el diagnóstico de los microorganismos de la cavidad bucal. Es por ello que se han desarrollado y perfeccionado técnicas microbiológicas para conocer mejor la ecología microbiana y a su vez los mecanismos de patogenicidad de los microorganismos más importantes, asociados a diferentes enfermedades. La Microbiología Bucal es una disciplina nueva para el diagnóstico microbiológico de las infecciones. No obstante, conviene tener presente que este tipo de análisis es una herramienta importante para el Odontólogo, ya que permite conocer la etiología microbiana de una enfermedad, seleccionar el antimicrobiano adecuado y también determinar la eficacia del tratamiento realizado. El estudio de la microbiota bucal y de las enfermedades infecciosas involucra una serie de etapas que van desde la toma y transporte de la muestra hasta el aislamiento e identificación de los agentes etiológicos, por procedimientos especiales de cultivo y pruebas diferenciales. Las técnicas microbiológicas dan información al odontólogo de diseñar de manera no empírica el tratamiento, detectar patógenos; determinar la necesidad de un antimicrobiano; identificar a pacientes que no responden al tratamiento. El diagnostico microbiológico deberá complementarse con una historia clínica para un diagnóstico integrador.