Los estudios sobre diatomeas en ríos de Colombia han estado enfocados a escalas locales en aspectos como la composición y su relación con el ambiente sin haberse abordado desde un enfoque funcional ni a escala de país. En este estudio se analizaron los patrones de distribución de las diatomeas a gran escala y se cuantificó la importancia de las variables que determinan dichos patrones. Asimismo, se probó si la distribución de diatomeas desde una matriz funcional resulta en patrones coincidentes con los obtenidos al usar una matriz taxonómica. Para ello se muestrearon 97 ríos y 139 muestras tomando información de altitud, coordenadas geográficas, fisicoquímica e hidrogeomorfología de 9 regiones de Colombia. Los patrones de distribución (taxonómico y funcional) de los 377 taxa fueron analizados mediante un PCoA utilizando el test Protest para comparar su correspondencia. Mediante un PCoA constreñido, identificamos los factores ambientales predictores de la composición de los ensambles taxonómico y funcional. La significancia de cada una de las variables fue evaluada mediante un bootstrap multivariado. Los patrones de distribución de diatomeas a nivel taxonómico y funcional fueron altamente coincidentes. El porcentaje de varianza explicado por las variables ambientales fue mayor que el explicado por la geografía. Los rasgos mostraron una estrecha relación con la hidrogeomorfología y la hidráulica mientras que la composición taxonómica por la geoquímica (Sílice) y la hidráulica. La alta congruencia de las ordenaciones taxonómica y funcional sugiere que los rasgos funcionales constituyen una métrica apropiada para estudios de biomonitoreo en el país. El alto número de variables hidrogeomorfológicas incluidas en los modelos sugiere que la hidrogeomorfología representa un filtro ambiental de primer orden, los sólidos suspendidos y el Sílice actúan en segundo orden y la altitud en un tercer orden.