Los alcances principales de esta línea de I/D consisten en diseñar técnicas computacionales que asistan a expertos en bioinformática en la obtención de nuevos conocimientos sobre el funcionamiento de los mecanismos de regulación existentes a nivel molecular en los organismos biológicos. Más específicamente, se busca desarrollar sistemas de software que asistan en la reconstrucción (o descubrimiento) de la estructura relacional presente en las redes regulatorias de genes.